第13集

　　京城里也开始了大雨涟涟的日子。冰月找到玄烨，两人在雨中说着心里话，两颗心也更靠的格外的近了。瘟疫蔓延得越来越广，涉及多省，再加上乘人之危者，不少受灾区已变得满目疮痍，一意孤行的鳌拜反对汉臣提出的封城建议，但即使封城却也为时已晚。终于，瘟疫蔓延至京城，辅臣遏必隆、定南王孔四贞相继染上瘟疫，染疾宗室大臣也有数人，众多染病者不得不被送至西郊皇陵禁闭养病。此时辅臣才知事态严重，孝庄也为此向辅臣大发雷霆。被瘟疫搅乱的紫禁城处在一片阴霾之中，为瘟疫一事而心烦的玄烨去探望冰月，却被冰月拒绝，原来冰月也不慎染上了疫症，玄烨焦虑万分，不顾严禁私藏疫症患者的律令将冰月藏于自己寝宫之中，却仍被精明的孝庄识穿，玄烨被逼着将冰月送出紫禁城。不得已送走冰月后的玄烨心里始终放不下妹妹，甚为担心冰月安危的他不顾孝庄的劝诫毅然前去皇陵陪伴冰月。

第14集

　　玄烨和聚忠曹寅等人连夜冒着大雨赶到西郊皇陵，玄烨看着奄奄一息的冰月十分心痛，危在旦夕的冰月连太医也回天乏术，情急时刻，聚忠突然想到汤玛法，于是连夜快马加鞭去找汤玛法求救，汤若望在危急时刻及时带着从广州送来的西药金鸡纳赶去救人，冰月等人终逃过死刧。随着京城瘟疫的逐渐平息，事情也告一段落，几位辅臣也为此事引咎受罚。汤若望因在治理瘟疫中立下大功，玄烨甚为赞赏，也由此引来辅臣的不满。皇帝亲临汤玛法的寿宴更是令辅臣忿忿不平，憋了一肚子的怨气。因瘟疫一事而士气受损的辅臣又将矛头直指汉臣之首汤若望，想借整治汤若望之机摧毁汉臣在朝中的根基，以打击汉臣，重振满臣威望。几位辅臣的议会上，苏克萨哈将康亲王在瘟疫事件中偶然救回府的前朝钦天监正杨光先引荐出来，原来杨光先一直蓄谋上告汤若望以报当年汤若望排挤自己钦天监职务之仇，由此开始了又一轮以四辅臣起事的“天算案”。索尼有感事态非同小可，便借丁忧之名避而不朝。辅臣们想方设法在京城散布谣言以诋毁汤若望，曾参杀人，谗言三至，随着谣言的泛滥京城百姓也信以为真了，从而为辅臣们设计汤若望夺得了民心。汉臣们得知后愤慨不已。

第15集

　　汉臣心中对幕后主使已是明了，虽替汤玛法感到不平却也苦无良策。孝庄为求朝中君臣之间的平衡避而不出面，只是暗示汤若望辞官故里。首辅索尼的告假使朝政大权落于次辅苏克萨哈手中，苏克萨哈急于贪功，不顾孝庄太后之意在汤若望还未来得及辞官之前便将其捉拿关入大牢，等待礼吏二部的审讯。孝庄有心袒护汤若望，却被苏克萨哈呈上的万民折以民心驳的无言以对，只好任由辅臣牚权而只是向其暗示要适可而止。玄烨对于孝庄冷落汤若望被捕一事疑惑不解，也尤为不满。辅臣们商议礼吏两部会审之中的刑部主审交由谨慎怕事的汉尚书龚鼎孳接任，企图操控其达到治汤若望之罪的目的，玄烨得知后也深感不安。龚鼎孳被三位辅臣威逼利诱而犹豫不绝，不想家中龚夫人顾横波对其劝谏宽慰，希望他能够毫无牵挂地明言正身，秉公办理。