第40集

　　程慈航得知铁匣子被刘振亮藏在毛公馆内的保险箱里，便和欧阳倩一起前去寻找，不料已被严达庆抢先一步拿走，二人一路追踪，枪战中，欧阳倩为掩护程慈航被严达庆的黑枪打中毙命，悲愤的程慈航打死了严达庆。警察厅里，莫采石等人打开铁匣子，里面却是日文版的《源氏物语》，一切都在莫采石的意料之中。

第41集

　　莫采石夜不能寐，打开屋内的保险柜，五九档案就在柜中。程慈航请刘阿常帮忙打听是谁把严达庆安排到茅山监狱工作，为了防止刘阿常泄露更多秘密，莫采石派人暗杀他，刘阿常侥幸躲过一劫，来到莫采石处领罪，莫采石让他永远离开南京。第二天，程慈航听到了刘阿常已死的噩耗。

第42集

　　程慈航无意中发现莫采石送给他的钟并不是父亲的遗物，底部是空的，意识到莫采石一直在欺骗他。程慈航通过在藏经楼和中央博物院发现的漆皮推测，五九档案就在藏经楼的藏经室里。关天平向程慈航坦诚自己是共产党员，恳请他加入自己的队伍。程慈航分析判断，幕后主使一定是莫采石。