迈克尔·斯科菲尔德正陷于无望的困境中——他的哥哥林肯·巴罗斯被认定犯有谋杀罪被投入了FoxRiver监狱的死 囚牢。虽然所有的证据都指出林肯就是凶手，迈克尔却坚信兄长是无辜的。林肯的死刑执行日越来越逼近，在没有其他选择的情况下，迈克尔持枪闯入了一家银行， 被捕入狱后来到了林肯的身边。身为建筑工程师的迈克尔参与了监狱的改造工程而对这里了若指掌，他设计了史上最完美的越狱计划，入狱的唯一目的就是要把林肯 救出生天并还其清白。迈克尔在狱中艰难地准备着越狱计划的同时，意想不到的人和事接连出现在通向自由的道路上。^[2] 

当迈克尔和林肯他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱 的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。另一方面，莎 拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索。一切阴谋似乎都在慢慢揭 开。^[3] 

迈克尔为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA，这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了 暴乱，当地的军队已经完全撤出，剩下这里的犯人自生自灭。这时，林肯的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了，他们要求麦克帮助他们完成一项任务，那 就是在一周内将在SONA里的澳大利亚人找到并救出来。为了心爱的女人和侄子LJ，麦克和在外面活动的林肯又开始了他们新一轮的越狱计划。^[4] 

第四季

就当迈克尔和林肯以为自己已经逃脱升天时，却又被重新卷入前所未有的恐怖逃亡。在经历戏剧性和跌宕起伏的第三季过程中，越狱里的迈克尔·斯科菲尔德（文特沃斯·米勒饰）阴差阳错地被投入了那个没有规则，没有守卫，有进无出的巴拿马索纳（Sona）监狱。林肯二人逃离某个地方，在第四季中，他们必须潜入一个神秘的场所，偷到与公司有关的情报，然后用这些情报来换取自由。与兄弟二人作这个交易的是由FBI探员（迈克尔-拉帕波饰演）的。