第46集

　　尹尚宫带着崔尚宫给她的银票和吴兼护右相给她的银票去找长今，希望藉由协助长今定崔尚宫等人的罪行，来保障自己未来可以登上提调尚宫的位置。长今明确告知，她不接受任何不正当的交易，当尹尚宫决定到司宪府告发崔尚宫等人的罪状途中却被崔判述手下掳走，崔尚宫使出反奸计让尹尚宫和阿烈等人将所有的罪行导向吴兼护所为，并且杀害尹尚宫企图脱罪。甚至先到太后娘娘处告状要将吴兼护等人连根拔除，而当太后得知长今手中握有内医正的遗书，要求长今交出来时，长今只好承认自己并没有内医正遗书。此时，崔尚宫更是志得意满，认为自己已经胜券在握。中宗下令要求全面清查硫磺鸭子事件，在大司宪的主导下，所有关联硫磺鸭子事件的人必须到场说明当时情况，会议途中，赫然见到死去的内医正出现，引起众人诧异。

第47集

　　内医正出现之后，硫磺鸭子事件总算水落石出，沉寂多年的案子告一段落，而崔尚宫还是不肯接受事实，做最后的挣扎，使尽方法希望见到太后娘娘和中宗，却为时已晚。于是一个人独自到明伊的坟前倾诉自己多年来埋藏心底的苦衷，除了希望得到明伊的谅解，但也表示会继续这场战争，当崔尚宫准备到义禁府替今英脱罪时，不慎摔落山谷，终于身亡。而吴兼护、朴副兼崔判述和今英以及内医正和阿烈等人都被判刑或流配或罢职。中宗大喜，除了奖赏长今之外也答应长今恢复韩尚宫以及长今母亲的身份，并且让长今了却多年来的心愿，暂代御膳厨房的最高尚宫职位，直到选出下一任最高尚宫为止。

第48集

　　中宗问及长今是不是多年前送酒的小朋友，长今称是，中宗大喜认为这真是奇妙的因缘。并且答应长今的要求到活人署去工作。 最近以来闵政浩对长今甚是冷漠，长今百思不得其解终于忍不住向闵政浩倾诉思念之情，原来闵政浩只是希望长今也要尝尝甚么是思念之苦，两人相对开怀大笑感觉彼此的心意。闵尚宫经过御膳竞赛，赢得御膳厨房最高尚宫的职位，战战兢兢准备皇上膳食未料却得到中宗的赞赏，喜出望外。 皇后命长今回宫，希望长今照顾世子病情，经过至密尚宫的解释，长今得知皇后的另一层意思，长今陷入痛苦，最后选择逃离此地，要求闵政浩带她一起离开这是非之地。

第49集

　　当中宗下令任命长今为中宗的主治医官，引起宫廷轩然大波。闵政浩与长今准备搭船离开时，副官和右议政快马加鞭赶来，阻止闵政浩去路，右议政对闵政浩晓以大义，希望闵政浩和长今都回到宫廷，而且要求长今拒绝皇上的任命，闵政浩却坚持希望长今接受中宗旨意，唯有这样长今才是做原来的自己。当长今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混乱，众多儒生群起反抗，中宗却坚持己见，不愿意改变心意，连生被太后和皇后叫到中宫殿，太后厉声责问连生为甚么安排中宗与长今单独对谈之事，连生一时心急紧张不安，引起早产，幸好长今细心照料连生度过生死难关顺利产下小公主，宫中洋溢一片喜悦。

第50集

　　长今因为自己的坚持差点害死连生，坚持婉拒担任中宗的主治医官，闵政浩对长今如此轻易放弃感到遗憾。清远大君突然生病，高烧不退，引起内医院一阵惊慌， 此时京城已经开始传出痘疮病症，长今深入乞丐的住处，愿意一个人和患有痘疮的小朋友被隔离在茅屋，专心替孩童治病，内医院禀报中宗和皇后，庆源大君的症状正是痘疮，皇后痛哭流涕，亲自出宫找寻长今，此时虽然长今已经治好痘疮的孩童，但是并不知道确切的病因，奉皇后之命回宫之后，与所有内医院医官和医女一心一意同心协力，治疗庆源大君。庆源大君终于康复，长今终于完成困难的使命，皇后也对长今另眼相看，对过去自己所犯下的错误请求原谅，而中宗也不顾朝廷众臣弹劾，执意要任命长今为从六品主簿。